１９３３年のナチス政権樹立後、ハンス・プリンツホルンに精神患者の芸術作品の収集と分析を勧めたカール・ウィルマンを引き継いで、ハイデルベルク精神医学教室の主任教授をつとめる。ナチスの信奉者で、『頽廃芸術展』の際には前任者やプリンツホルンが収集した精神病患者の作品を、モダンアートの攻撃に利用するためナチスに提供した。Goebbleによる頽廃芸術展のオープニングスピーチに向けて"Entartete Kunst und Irrenkunst"というエッセイを執筆し、後に出版される。曰く、「表現主義者の絵画は精神病者のそれにそっくりだ」。　
　 その後彼は安楽死機関ＲＡＧの中心メンバーとなり、自分が主宰する精神医学教室をＴ４作戦に貢献する中心施設に改変した。彼の指導により、ハイデルベルク大学はＴ４作戦に従事する一般科医師や看護婦に精神医学の基礎教育を行う教育機関となる。さらに安楽死の名のもとに、各地の虐殺された精神病患者の脳や内分泌器官を集めて研究材料にした。
　ナチス・ドイツの敗戦が決定すると、シュナイダーは大学を抜け出し、エアランゲンの大学の精神科に患者と偽って入院した。しかし、１９４６年１２月１０日に米軍に逮捕され、手首を切り首を吊って自殺した。
　なお、彼のもとで助手として働いた者のうち何人かは戦後も西ドイツの精神医学界で成功をとげた。脳の解剖を手がけたユリウス・ドイセンは、西ドイツ連邦軍の顧問精神科医として戦争心理学の教科書の執筆を執筆するまでとなった。内分泌系の解剖を行ったカール・フリードリッヒ・ベントも教授の称号を与えられ、フリードリッヒ・シュミーダーという助手は頭部外傷患者向けの私立病院を開いたが、のちにこの分野における西ドイツ最大の医療機関となり、１９７３年には連邦功労十字章が贈られている。
　２０００年のドイツ映画『アナトミー』（主役は『ラン・ローラ・ラン』で赤毛のヒロインを演じたフランカ・ポテンテ）は、ハイデルベルクにある名門大学病院が舞台で、研究のために生きた人間の身体を切り刻むことを是とするアンチ・ヒポクラテス同盟（ＡＡＡ）という古来から続く秘密結社が登場する。ついつい映画がつくられた背景を想像したくなるものだ。

　参考文献：　『精神医学とナチズム―裁かれるユング、ハイデガー』　小俣和一郎　講談社現代新書
　　　　　　　　 『ナチスもう一つの大罪―「安楽死」とドイツ精神医学』　小俣和一郎　
　　　　　　　 "THE DISCOVERY OF THE ART OF THE INSANE" 　John McGREGOR